Les mesures permettant de conserver et/ou de restaurer des milieux fontinaux sont, par exemple, leur mise sous protection en tant qu’objet protégé des plans de zones ou encore sur la base de conventions avec les propriétaires ou les utilisateurs. Les cantons sont responsables de la mise en œuvre des mesures de protection et de restauration des milieux fontinaux. Afin de garantir une évaluation et une priorisation uniformes, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a fait publier un guide pour le recensement systématique et la détermination du degré d’importance pour la protection de la nature.

Tout comme les cours d'eau, les milieux fontinaux devraient être protégés contre les atteintes et restaurés de manière proactive. À cet effet, le Service-conseils rassemble les connaissances techniques et expériences et les met à disposition  de toute personne intéressée. Comme exemple de valorisation écologique, on citera le clôturage des sources dans les pâturages, le démantèlement de captages et la remise à ciel ouvert des tronçons amont des ruisseaux. En outre, dans le cas de nouveaux captages, la restitution d’un débit résiduel adapté doit être maintenu chaque fois que cela est possible.